Cerita dimulai ketika tokoh utama Yoshimori Sumimura yang berumur
9 tahun yang biasa saja. Tetapi dia sebenarnya pewaris generasi ke-22 dari para Kekkaishi.
Kekkaishi adalah orang-orang yang bisa menciptakan kekkai atau pelindung berbentuk persegi, dan
mengurung serta menghancurkan siluman yang terperangkap di dalamnya. Setiap
malam, Yoshimori mencari dan membinasakan siluman ditemani anjing hantu bernama
Madarao.
Selain keluarga Sumimura, adapula keluarga Yukimura yang juga
kekkaishi. Hubungan mereka kurang begitu baik. Dahulu, kekkaishi digunakan
untuk melindungi tuan tanah bernama Karasumori. Karena suatu hal, mereka
akhirnya dihabisi oleh para siluman yang datang ke tanah milik mereka.
Siluman-siluman itu tertarik dengan kekuatan spiritual yang dipancarkan tanah
tersebut sehingga mereka mendatangi tanah itu untuk menjadi lebih kuat.
Dari keluarga Yukimura pewarisnya adalah Tokine
Yukimura. Dia juga ditemani seekor anjing hantu bernama Hakubi yang genit.
Kedua orang ini selalu melakukan tugasnya dengan baik. Suatu ketika Yoshimori
lengah dan kewalahan melawan seekor siluman bercakar besar dan hampir tewas.
Beruntung Tokine datang, tetapi tangannya terluka dan dia sekarat. Sampai
sekarang bekas lukanya masih membekas. Sejak saat itu, Yoshimori bertekad untuk
menjadi kekkaishi yang hebat agar Tokine tidak terluka lagi.
Semakin lama, masalah semakin rumit, ketika terungkap apa
karasumori itu sebenarnya. Belum lagi masalah kurang tidur yang dialami
Yoshimori, masalah asmara dengan Tokine dan sebagainya.
Akhirnya Yoshimori bertemu dengan teman yang juga suruhan
kakaknya Masamori. Dia bernama Gen Shisiho. Saat pertama kali bertemu Gen dan
Yoshimori seringkali bertengkar. Tapi setelah berapa lama akhirnya merekapun
dapat berkarja sama. Dan meraka pun harus menghadapi organisasi ayakashi
bernama Kokubourou. Setelah itu mereka menghadadapi ayakashi-ayakashi hebat
dari sana. Akhirnya mereka berhasil melindungi Karasumori dengan mengorbankan
nyawa Gen Shishio.
Setelah kematian Gen markas Yagyo pindah ke kediaman
Sumimura. Yoshimori berjanji kepada teman Gen yang bernama Sen Kagemiya akan
membalaskan dendam Gen. saat melawan Kokubourou, Yoshimori menyerahkan diri
kepada Shion yang menyamar menjadi Kaguro. Saat Byaku akan memasukkan
serangganya kepada Yoshimori, Yoshimori mengeluarkan Zekkai. Saat itu Yoshimori
ditolong oleh Matsudo Heisuke teman kakek Shige yang telah meninggal.
Akhirnya Matsudo melawan Byaku. Byaku kalah. Lalu Yoshimori
menyelamatkan Sen yang disekap Kokubourou. Tokine yang melawan Koshu menang
dengan mudah. Tiba saatnya Yoshimori melawan Kaguro. Yoshimori yang kewalahan,
menang saat Sen nyaris terkena tebasan Kaguro dengan menciptakan Kekkai yang
memiliki kekuatan seperti Zekkai. Sen yang terkurung di dalamnya tak bisa
apa-apa. Masamori menggunakan Zekkai untuk menembus Kekkai Yoshimori. Masamori
kewalahan, bahkan Tokine pun turun tangan dengan jurus yang diajarkan nenek
Toki. Akhirnya Tokine dapat menembus Kekkai Yoshimori dan Masamori dapat
menembusnya. Kokubourou pun runtuh.
Setelah itu pun Yoshimori meminta maaf. Akhirnya markas Yagyo
pun kembali ke tempatnya,hari-hari kembali seperti biasanya. Karasumori pun
tetap dilindungi Yoshimori dan Tokine.